Индексация разделов - это необходимая процедура.
Что она делает?
Допустим у вас есть большое количество товаров и статей. Вы хотите чтобы построилось красивое меню товаров или статей - Для этого движку надо узнать список всех статей, всех разделов товаров, построить структуру и вывести соответствующие меню.
Делать каждый раз эту процедуру - затратно, поэтому сузществует механизм индексации.
Это может быть индексация разделов, ключевых слов, тегов и т.п.
Также индексация разбивает большую базу товаров на раздельные, что ускоряет работу движка.
Индексируйте базу при добавлении новых статей и товаров.
Внимание! При большом количестве товаров или статей - процедура индексации может потреблять много ресурсов или длится длительное время - поэтому не злоупотребляйте ей. Доавьте несколько статей, несколько товаров - и только после этого проиндексируйте один раз.