Выдача без подразделов.

Во-первых. вариант выдачи списка товарных разделов - 3a (расширенный режим - смотрите под списком разделов)

Во-вторых: если не входит внутрь товара - и включены ЧПУ - то требуется индексация - при этом идет пересчет ЧПУ.

В-третьих: смотрите пример: demo.eurowebcart.ru

В четвертых разбирайтесь что вы не так делаете. Может не правильно обновляете, может еще что?

В пятых. Все параметры при инсталляции настроены оптимально, автор понятия не имеет, какие вы параметры меняли и к чему это может приводить.