Не создаются категории/товары

Категории товара создаются если в этой категории есть хотя бы один товар
если нет - то уничтожаются.
все это происходит после индексации товаров полной.

но если вы используете режим СП то тут совсем не так - заводить товары следует в личном кабинете, даже админам
и после индексации товар попадает в общую базу

при заведении товара непосредственно в общуюю базу он будет удален при индексации.